近年來，隨著古DNA研究技術(shù)迅速發(fā)展，不同古DNA實(shí)驗(yàn)方案在實(shí)際應(yīng)用中產(chǎn)生的背景污染情況有何不同？古DNA實(shí)驗(yàn)如何盡可能地減少背景污染？這方面的議題備受關(guān)注。jnU新江南網(wǎng)|江南區(qū)域知名綜合門戶網(wǎng)

中國科學(xué)院古脊椎動物與古人類研究所(中科院古脊椎所)1月9日發(fā)布消息說，該所分子古生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室付巧妹研究員團(tuán)隊(duì)最新完成關(guān)于不同古DNA實(shí)驗(yàn)方案中相關(guān)實(shí)驗(yàn)室背景污染物的系統(tǒng)評估，結(jié)果表明，水、土壤、空氣和人體皮膚等環(huán)境都是實(shí)驗(yàn)室背景污染的潛在來源。jnU新江南網(wǎng)|江南區(qū)域知名綜合門戶網(wǎng)

同時(shí)，采用單鏈DNA文庫構(gòu)建實(shí)驗(yàn)方案與機(jī)器人自動化液相處理相結(jié)合的方式可以顯著降低背景微生物的多樣性，減少實(shí)驗(yàn)中可能產(chǎn)生的背景污染。jnU新江南網(wǎng)|江南區(qū)域知名綜合門戶網(wǎng)

這項(xiàng)古DNA實(shí)驗(yàn)領(lǐng)域的重要研究成果論文，近日在線發(fā)表于學(xué)術(shù)期刊《科學(xué)通報(bào)》(Science Bulletin)。中科院古脊椎所聯(lián)合培養(yǎng)博士生苗波是論文第一作者，付巧妹研究員和劉逸宸副研究員為論文共同通訊作者。jnU新江南網(wǎng)|江南區(qū)域知名綜合門戶網(wǎng)

付巧妹指出，古DNA技術(shù)及實(shí)驗(yàn)的廣泛應(yīng)用，極大提高了古DNA研究的效率。不過，目前尚不清楚不同實(shí)驗(yàn)方案在實(shí)際應(yīng)用中產(chǎn)生的背景污染情況，這一直是古DNA領(lǐng)域面臨的巨大挑戰(zhàn)之一。jnU新江南網(wǎng)|江南區(qū)域知名綜合門戶網(wǎng)

此前，科研團(tuán)隊(duì)通過對低生物量微生物組研究中存在的污染進(jìn)行梳理，并對微生物組研究中井間污染的量化研究表明，實(shí)驗(yàn)室中的樣本污染是來自井間交叉污染和背景污染的組合，不同實(shí)驗(yàn)室的污染程度不同，不同的實(shí)驗(yàn)方案在井間交叉污染的發(fā)生情況和水平上存在差異。然而，關(guān)于實(shí)驗(yàn)室中樣本污染仍存在“不同實(shí)驗(yàn)方案的背景污染情況是怎樣的”“不同實(shí)驗(yàn)方案的組合應(yīng)用如何來盡可能地減少背景污染”等需要探究的問題。jnU新江南網(wǎng)|江南區(qū)域知名綜合門戶網(wǎng)

在本次開展的針對性研究中，科研團(tuán)隊(duì)利用在超凈實(shí)驗(yàn)室中，以不同實(shí)驗(yàn)方案處理的40個(gè)陰性對照樣品的鳥槍測序宏基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行詳細(xì)分析，探究超凈實(shí)驗(yàn)室的背景污染情況，并對實(shí)驗(yàn)中盡可能地減少背景污染進(jìn)行探討。結(jié)果表明，水、土壤、空氣和人體皮膚等環(huán)境都是實(shí)驗(yàn)室背景污染的潛在來源；采用單鏈DNA文庫構(gòu)建實(shí)驗(yàn)方案與機(jī)器人自動化液相處理相結(jié)合的方式，可顯著降低背景微生物的多樣性，減少實(shí)驗(yàn)中可能產(chǎn)生的背景污染。jnU新江南網(wǎng)|江南區(qū)域知名綜合門戶網(wǎng)

付巧妹表示，這項(xiàng)研究可為評估古DNA實(shí)驗(yàn)方案的污染情況提供參考，特別是為高度降解樣本的自動化處理實(shí)驗(yàn)方案進(jìn)行系統(tǒng)評估提供出新的見解。(完)jnU新江南網(wǎng)|江南區(qū)域知名綜合門戶網(wǎng)